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柯萨奇病毒A组10型VP1的生物信息学分析

张高博 刘益文 李子星 刘一洋 袁俊

湖北葛店人福药用辅料有限责任公司  武汉华夏理工学院  武汉市东西湖区人民医院公共卫生科  

摘要:目的 柯萨奇病毒A组10型(coxsackievirus A10,CV-A10) 是引发手足口病(hand, foot and mouth disease,HFMD)的重要病原体之一,此研究运用生物信息学方法预测分析其病毒蛋白 (viral protein,VP)中VP1的理化性质、结构特征以及抗原表位。方法 通过ProtParam、SOPMA、SWISS-MODEL、PDBsum、PrOSA-web预测分析CV-A10 VP1的理化性质和结构特征。应用DNAstar、ABCpred、Bepipred 2.0、EliPro、DiscoTope-2.0、NetMHCpan-4.1、NetMHClpan-4.0、 Consurf、 VaxiJen v.2.0、AllerToP v.2.0. ToxinPred2、IEDB immunogenicity预测分析CV-A10 VP1的抗原表位。结果 CV-A10 VP1为碱性、不稳定的亲水性蛋白,其二级结构以无规则卷曲为主。该蛋白还存在多个潜在B、T细胞抗原表位以及基于潜在表位之上的优势抗原表位。结论 CV-A10 VP1蛋白有多处可诱导特异性体液免疫和细胞免疫的潜在位点,研究为其实验鉴定、分子流行病学研究和疫苗研发提供了重要支持。
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